Aufgrund ihrer Lage 1000 Kilometer vom Festland entfernt und ihres vulkanischen Ursprungs hat sich auf den Galapagos-Inseln eine besondere Flora und Fauna ausgebildet mit vielen endemischen, also nur dort vorkommenden Arten, wie die Riesenschildkröten, die Echsen und einige Vogel und Pflanzenarten.
Die geologisch eher jungen Inseln sind zwischen 3 und 0.5 Millionen Jahre alt. Sie liegen an einer Bruchzone zweier tektonischer Platten, die über eine Magma-Kammer, ein sogenannter Hot-Spot, gleiten. Die Drift-Geschwindigkeit der Platten beträgt 5-7 Zentimeter pro Jahr. Bei einer Drift-Richtung nach Südosten sind die nordwestlich gelegenen Inseln die jüngsten und zählen zu den vulkanisch aktivsten Gebieten der Welt. Der letzte Vulkanausbruch wurde 2010 beobachtet.
Während Vögel und Fische die Inseln auf natürliche Weise erreichen konnten, erreichten Landbewohner die Inseln durch Zufälle. Auf Bäumen oder Vegetationsinseln, die sich durch Verkeilen von durch Stürmen oder Überschwemmungen in Flüssen treibenden Bäumen gebildet hatten, konnten sehr resistente Arten, das wochenlange Treiben auf dem Meer überleben und ökologischen Nischen besetzen, da keine anderen Landbewohner mit ihnen um das Territorium konkurrierten.
Der Mensch und von ihm eingeschleppte Arten, wie Ratten, Ziegen, Esel und Fliegen, stellen die grösste Gefahr für dieses Ökosystem dar. Bevor die Inseln 1535 vom Bischof von Panama entdeckt wurden (weil sein Schiff in der Flaute treibend vom Kurs abkam) lebten ca. 400.000 Schildkröten auf den verschiedenen Inseln. Heute sind es nur noch 40.000. Sie dienten im 17. und 18. Jahrhundert als Proviant der Seeräuber, die die Galapagos-Inseln als Rückzugsort und zum Auffüllen ihrer Vorräte nutzen.
Nicht endemisch, aber etwa die Hälfte aller weltweit existierender Blaufuss-Tölpel leben auf den Galapagos-Inseln.
Der Galapagos-Seelöwe bildet seit ca. 2 Millionen Jahren eine eigenständige genetische Art und gilt daher als endemisch. Ohne jegliche Scheu vor Menschen, nutzt er auch Parkbänke als Schlafgelegenheit. Neben Parkbänken lieben es die Seelöwen auch auf Booten zu schlafen. Auf unser Boot haben sie es zum Glück noch nicht geschafft.
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